Vào năm 1839, Hội đồng lập pháp bang Missouri thông qua Đạo luật Geyer để thành lập quỹ cho một trường đại học của tiểu bang[5]. Đó sẽ là đại học công lập đầu tiên phía tây sông Mississippi. Vào năm trường thành lập, người dân Columbia và hạt Boone cam kết tặng cho trường 117.921 USD tiền mặt và đất để giải tỏa năm hạt ở miền trung bang Missouri nhằm có đất để xây dựng trường[6]. Mảnh đất mà cuối cùng trường xây dựng là phía nam khu trung tâm buôn bán của Columbia và thuộc sở hữu của James S. Rollins, người sau này được biết đến như là "Cha đẻ của trường". Đây là trường đại học công lập đầu tiên trong vùng Louisiana (được Thomas Jefferson mua lại từ Pháp) và đã được thiết kế một phần dựa trên bảng đồ án nguyên gốc của Jefferson cho Đại học Virginia. Tấm bia mộ gốc của Jefferson đã được những người thừa kế của ông tặng cho Missouri-Columbia vào tháng 7 năm 1883.

Năm 1864, khi mà đang ở giữa cuộc nội chiến, ban quản trị của trường tạm hoãn việc hoạt động. Trong suốt quãng thời gian đó, cư dân Columbia đã thành lập lực lượng "vệ sỹ gia đình", lực lượng đã trở nên nổi tiếng với cái tên "Fighting Tigers of Columbia" (tạm dịch "Mãnh Hổ Columbia"). Tên này được đặt vì tính kiên định của lực lượng nhằm đánh trả bất cứ lực lượng xâm lược nào có ý định cướp bóc thành phố và ngôi trường. Sau đó, vào năm 1890, một cựu sinh viên của trường đề nghị đội bóng bầu dục mới thành lập của trường nên được gọi là "Tigers" nhằm tôn vinh những ai đã chiến đấu để bảo vệ Columbia. Các trường đại học chuyên ngành thành viên về các ngành Nông nghiệp, Thực phẩm và Tài nguyên thiên nhiên được thành lập. Năm 1888, Trạm thí nghiệm nông nghiệp Missouri mở cửa. Sự kiện này đã dẫn đến sự hoàn thành mười trung tâm và phòng nghiên cứu nông nghiệp xung quanh miền trung Missouri. Missouri-Columbia chẳng bao lâu sau cũng đã thêm vào khoa luật và y dược.

Ngày 9 tháng 1 năm 1982, Academic Hall, toà nhà chính của trụ sở bị tai nạn hỏa hoạn thảm khốc mà nguyên nhân được cho là một trong những máy phát điện đầu tiên của Thomas Edison. Vụ hỏa hoạn đã làm thiêu rụi hoàn toàn toà nhà, để lại ít nhất là trên sáu cột đá theo phong cách Ionic đứng trơ trụi. Sau vụ hoả hoạn, đã có một chiến dịch nhằm chuyển trường đại học này về Sedalia; tuy nhiên Columbia đã tập hợp và ngăn chặn việc di chuyển. Những cái cột cũ vẫn còn tồn tại cho đến ngày nay đã trở thành biểu tượng của campus và hình thành nên khu trung tâm của sân trong Francis, phần cổ xưa nhất của campus. Cuối phía nam của sân trong là toà nhà thay thế cho Academic Hall, toà nhà Jesse Hall. Được xây dựng vào năm 1895, Jesse Hall là trụ sở của nhiều văn phòng quản lý của trường và của thính phòng Jesse. Khu vực xung quanh sân trong, nơi mà những toà nhà được xây dựng bằng gạch đỏ, được biết đến như "Campus đỏ". Phía đông sân trong có rất nhiều toà nhà được xây dựng vào những năm 1913 và 1914 bằng đá vôi trắng. Khu vực này được gọi là "Campus trắng". Vào năm 1908, khoa báo chí đầu tiên đã được mở tại Missouri-Columbia. Khoa trở nên nổi tiếng rộng khắp nhờ vào "phương pháp Missouri" trong việc giảng dạy. Vào năm 1911, Missouri-Columbia tổ chức lễ hội homecoming lần đầu tiên khi giám đốc ban thể thao, Chester Brewer, mời các cựu sinh viên trở về "nhà" cho một buổi đại hội, một cuộc diễu hành mang ý nghĩa tinh thần và trận đấu bóng bầu dục giữa Missouri-Columbia và Đại học Kansas[7]. Sau Chiến tranh thế giới thứ hai, các trường đại học trong nước phát triển với một nhịp điệu phi thường và Missouri-Columbia không nằm ngoài sự phát triển đó. Sự việc có lý do một phần vì G.I. Bill đã cho phép các cựu chiến binh học ở các trường đại học với sự giúp đỡ của chính quyền liên bang.

Các sự kiện tại trường là phương tiện để xoá bỏ nạn phân biệt chủng tộc trong các trường đại học và phổ thông trên toàn nước. Vào mùa đông năm 1935, bốn học viên cao học của đại học Lincoln (Lincoln University)– một trường đại học vốn là trường dành riêng cho người Mỹ da màu từ xa xưa- cách 30miles (50 km) ở thành phố Jefferson- đã bị từ chối đơn xin vào học cao học tại các khoa ở MU. Một trong số những sinh viên này, Lloyd L.Gaines, đã đem vụ việc của anh lên Toà án tối cao Hoa Kỳ. Vào ngày 12/12/1938, trong quyết định bước ngoặt 6-2, toà án đã ra lệnh cho bang Missouri phải chấp thuận đơn xin vào học ở khoa luật của Gaines hoặc là cung cấp các điều kiện tương đương với tầm cỡ của khoa. Mặc dù vậy, Gaines đã biến mất khỏi Chicago vào ngày 19/03/1939 trong những tình tiết khả nghi. Trường đã trao tặng Gaines bằng luật danh dự quá cố cho vào tháng 5 năm 2006[8]. Các sinh viên đại học bị phân biệt đối xử đã được hoà nhập nhờ lệnh của toà án vào năm 1950, khi mà trường buộc phải thừa nhận các cư dân Mỹ gốc Phi và học những ngành không có tại trường đại học Lincoln.

Vào năm 1963, trường đại học Missouri chính thức thêm "Columbia" vào tên trường để hợp với kế hoạch đặt tên của "hệ thống trường đại học Missouri", hệ thống vừa mới được thành lập bao gồm 4 cơ sở. Tuy nhiên vào ngày 29/11/2007, ban quản trị sau khi bỏ phiếu đã đồng thuận cho phép MU bỏ cụm từ Columbia trong tên trường trên các phương tiện truyền thông đại chứng nhằm hưởng ứng chiến dịch khởi động bởi các khoa, các nhà quản lý và các cựu sinh viên có cảm giác trường có thể bị nhận diện là một cơ sở đào tạo cấp vùng vì tên. Tên Đại học Missouri- Columbia vẫn sẽ được dùng trong công việc chính thức. Một chiến dịch đã ngủ im từ lâu nhưng đã hồi sinh khi trường Đại học Missouri-Rolla đã được cho phép đổi tên trường với những lý do tương tự.[9]MU có trên 240.000 cựu sinh viên tốt nghiệp trên toàn thế giới, hầu như phân nửa trong số đó tiếp tục sinh sống tại Missouri..[2]